Trình tự, thủ tục đăng ký thành lập doanh nghiệp được quy định cụ thể tại Điều 27 Luật Doanh nghiệp 2014, theo đó, việc đăng ký doanh nghiệp được tiến hành tại cơ quan đăng ký kinh doanh, bao gồm các bước cụ thể sau:
Thứ nhất, nộp hồ sơ đăng ký thành lập doanh nghiệp
Người thành lập doanh nghiệp nộp đủ hồ sơ đăng ký doanh nghiệp theo quy định của Luật này tại cơ quan đăng ký kinh doanh có thẩm quyền (Phòng Đăng ký kinh doanh cấp tỉnh) và phải chịu trách nhiệm về tính trung thực, chính xác của nội dung hồ sơ.
Quy định này nhằm nâng cao tính tuân thủ pháp luật, tính tự giác, tự chịu trách nhiệm của các cá nhân, tổ chức khi có nhu cầu gia nhập thị trường, đồng thời, việc giảm trách nhiệm thẩm định hồ sơ của cơ quan đăng ký kinh doanh cho phép rút ngắn thời gian giải quyết thủ tục đăng ký thành lập doanh nghiệp.
Thứ hai, tiếp nhận hồ sơ đăng ký thành lập doanh nghiệp
Việc tiếp nhận hồ sơ đăng ký doanh nghiệp thực hiện bằng việc cơ quan đăng ký kinh doanh ghi vào sổ hồ sơ tiếp nhận của cơ quan mình, đồng thời trao cho người thành lập Giấy biên nhận về việc nhận hồ sơ hợp lệ. Thời điểm tiếp nhận hồ sơ hợp lệ được coi là căn cứ để xác định thời hạn thực hiện trách nhiệm đăng ký doanh nghiệp của cơ quan đăng ký kinh doanh. Cũng chính vì thế mà giấy biên nhận về việc tiếp nhận hồ sơ là cơ sở pháp lý để người thành lập doanh nghiệp có thể thực hiện quyền khiếu nại của mình trong trường hợp cơ quan đăng ký kinh doanh không cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp theo đúng thời hạn và không có thông báo về việc yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ.
Thứ ba, xem xét tính hợp lệ hồ sơ đăng ký và cấp hoặc từ chối cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp
Cơ quan đăng ký kinh doanh có trách nhiệm xem xét hồ sơ đăng ký thành lập doanh nghiệp và cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trong thời hạn ba ngày làm việc, kể từ ngày nhận hồ sơ; nếu từ chối cấp Giấy thì thông báo bằng văn bản cho người thành lập doanh nghiệp biết. Thông báo phải nêu rõ lý do và các yêu cầu sửa đổi, bổ sung.
Cơ quan đăng ký kinh doanh xem xét và chịu trách nhiệm về tính hợp lệ của hồ sơ khi cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp; không được yêu cầu người thành lập doanh nghiệp nộp thêm các giấy tờ khác không quy định tại Luật này.
Trước khi Luật Doanh nghiệp 2014 được ban hành, thời gian xử lý hồ sơ đăng ký doanh nghiệp là 5 ngày làm việc trong đó có 2 ngày để cơ quan thuế cấp mã số doanh nghiệp, 3 ngày để cơ quan đăng ký kinh doanh tiếp nhận, xử lý hồ sơ và cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Với cơ chế này, việc cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp phải phụ thuộc vào việc chờ cấp mã số doanh nghiệp từ cơ quan thuế, làm kéo dài thời gian thực hiện thủ tục hành chính.

Rút ngắn thời gian cấp giấy chứng nhận đăng kí Doanh nghiệp
Để tạo thuận lợi tối đa cho người dân, doanh nghiệp tham gia thị trường, Luật Doanh nghiệp 2014 đã giảm thời gian xử lý hồ sơ đăng ký doanh nghiệp còn xuống còn tối đa 3 ngày làm việc. Cụ thể hóa quy định nêu trên, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã phối hợp với Bộ Tài chính để ban hàng Thông tư liên tịch số 01/2016/TTLT-BKHĐT-BTC hướng dẫn việc trao đổi thông tin đăng ký doanh nghiệp, thông tin về tình hình hoạt động của doanh nghiệp và thông tin về báo cáo tài chính của doanh nghiệp. Theo đó, Hệ thống đăng ký thuế tự động tạo mã số thuế mà không cần sự kiểm tra, xem xét của cán bộ đăng ký thuế.
Theo thống kê từ Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp thì trong năm 2016, thời gian trung bình xử lý hồ sơ đăng ký thành lập doanh nghiệp mới của cả nước được rút xuống chỉ còn 2,9 ngày, thời gian trung bình xử lý hồ sơ đăng ký thay đổi thông tin đăng ký doanh nghiệp là 2,05 ngày, đảm bảo đúng quy định của Luật Doanh nghiệp 2014. Tỷ lệ hồ sơ được chấp thuận ngay lần đầu tiên đạt gần 86%, tỷ lệ hồ sơ trả kết quả đúng hẹn đạt gần 90%.
Có thể nói rằng, cải cách thể chế kinh tế thị trường, phát huy vai trò kiến tạo phát triển của Nhà nước đi đôi với phát huy mạnh mẽ quyền làm chủ của nhân dân sẽ là một trong những nhiệm vụ trọng tâm được đặt ra. Trong bối cảnh Chính phủ đang quyết tâm cải thiện hơn nữa môi trường đầu tư kinh doanh, những cải cách của Luật Doanh nghiệp 2014 đã và đang tạo ra những bước chuyển biến mạnh mẽ để nền kinh tế nước ta có thể bứt phá trong giai đoạn tới đây.